Achevant sa tournée asiatique (3-6 juin 2006) par l'Indonésie (après Singapour et le Vietnam) et à la 
Ce rétablissement des liens militaires bilatéraux -- restreints dès 1991 puis interrompus lors des combats pour l'indépendance de Timor en 1999 -- avait été alors justifié par l'engagement de la "troisième plus grande démocratie du monde" -- également "voix de la modération au sein du monde musulman" -- dans la lutte contre le terrorisme auprès des Etats-Unis.
Principalement synonyme de levée de l'embargo sur les ventes d'armes, ce rétablissement des relations militaires (que M. YUDHOYONO souhaite permanent de crainte qu'une campagne de militants des droits de l'homme -- dénonçant les transgressions des droits de l'homme par une armée indonésienne manquant de professionnalisme -- ne provoque le revirement du Congrès américain) doit permettre à l'Indonésie de bénéficier d'un entraînement (en matière de gestion post-catastrophe naturelle et de sécurité maritime) et d'équipements américains (avions de transport C-130, patrouilleurs capables de surveiller les eaux territoriales de l'Etat archipélagique). En contrepartie -- même si son président avertit les Etats-Unis que le caractère centralisé d'une lutte globale contre le terrorisme inadaptée aux différents contextes nationaux alimente les "mauvaises perceptions" et aliène une partie des opinions publiques indonésienne et musulmane (selon le Congressional Research Center, le pourcentage des Indonésiens ayant une image favorable des Etats-Unis a chuté de 79% en 1999 à 15% en 2003) --, l'Indonésie s'engage à participer de manière "limitée" à la Proliferation Security Initiative, programme mis en place le 31 mai 2003 pour prévenir la prolifération des armes de destruction massive et qui regroupe désormais une soixantaine d'Etats.
